મેથિલેશન-સ્પેસિપીસી પીસીઆર (એમએસપી) કીટ

A-1 ખાંચો

■ નમૂનામાં પ્રોટીન અશુદ્ધિઓ અથવા તાક અવરોધકો વગેરે છે DNA ડીએનએ નમૂનો શુદ્ધ કરો, પ્રોટીન અશુદ્ધિઓ દૂર કરો અથવા શુદ્ધિકરણ કીટ સાથે નમૂના ડીએનએ કાો.

Template નમૂનાનું વિકૃતિકરણ પૂર્ણ નથી den યોગ્ય રીતે વિકૃતિકરણ તાપમાનમાં વધારો અને વિકૃતિકરણનો સમય લંબાવવો.

■ ાંચો અધોગતિ the નમૂનો ફરીથી તૈયાર કરો.

એ -2 પ્રાઇમર

Pri પ્રાઇમર્સની નબળી ગુણવત્તા-પ્રાઇમરનું ફરીથી સંશ્લેષણ કરો.

■ પ્રાઇમર ડિગ્રેડેશન - ઉચ્ચ સાંદ્રતાવાળા પ્રાઇમર્સને બચાવવા માટે નાના વોલ્યુમમાં વહેંચો. બહુવિધ ઠંડું અને પીગળવું અથવા લાંબા ગાળાના 4 ° C ક્રિઓપ્રિઝર્વ્ડ ટાળો.

Pri પ્રાઇમર્સની અયોગ્ય ડિઝાઇન (દા.ત. પ્રાઇમરની લંબાઇ પૂરતી નથી, પ્રાઇમર્સ વચ્ચે ડીમર રચાય છે, વગેરે)

A-3 Mg²⁺એકાગ્રતા

■ એમજી²⁺ એકાગ્રતા ખૂબ ઓછી છે - એમજીમાં સારી રીતે વધારો²⁺ એકાગ્રતા: Mg ને પ્ટિમાઇઝ કરો²⁺ શ્રેષ્ઠ એમજી નક્કી કરવા માટે 0.5 મીમીના અંતરાલ સાથે 1 એમએમથી 3 એમએમ સુધીની પ્રતિક્રિયાઓની શ્રેણી દ્વારા એકાગ્રતા²⁺ દરેક નમૂના અને બાળપોથી માટે એકાગ્રતા.

A-4 એનિલીંગ તાપમાન

Anંચું neનિલીંગ તાપમાન બાળપોથી અને નમૂનાના બંધનને અસર કરે છે. Neએનિલિંગ તાપમાન ઘટાડવું અને 2 ° C ના withાળ સાથે સ્થિતિને પ્ટિમાઇઝ કરવી.

A-5 વિસ્તરણ સમય

■ ટૂંકા વિસ્તરણ સમય extension વિસ્તરણ સમય વધારો.

ઘટના: નકારાત્મક નમૂનાઓ લક્ષ્ય ક્રમ બેન્ડ પણ દર્શાવે છે.

PCR નું A-1 દૂષણ

Target લક્ષ્ય ક્રમ અથવા એમ્પ્લીફિકેશન પ્રોડક્ટ્સનું ક્રોસ દૂષણ fully નકારાત્મક નમૂનામાં લક્ષ્ય ક્રમ ધરાવતા નમૂનાને કાળજીપૂર્વક પાઇપેટ ન કરો અથવા તેમને સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબમાંથી બહાર ફેંકી દો. હાલના ન્યુક્લિક એસિડને દૂર કરવા માટે રીએજન્ટ્સ અથવા સાધનો ઓટોક્લેવ્ડ હોવા જોઈએ, અને નકારાત્મક નિયંત્રણ પ્રયોગો દ્વારા દૂષણનું અસ્તિત્વ નક્કી કરવું જોઈએ.

■ રીએજન્ટ દૂષણ re રીએજન્ટ્સને અલગ કરો અને નીચા તાપમાને સ્ટોર કરો.

A-2 પ્રાઇમr

■ એમજી²⁺ એકાગ્રતા ખૂબ ઓછી છે - એમજીમાં સારી રીતે વધારો²⁺ એકાગ્રતા: Mg ને પ્ટિમાઇઝ કરો²⁺ શ્રેષ્ઠ એમજી નક્કી કરવા માટે 0.5 મીમીના અંતરાલ સાથે 1 એમએમથી 3 એમએમ સુધીની પ્રતિક્રિયાઓની શ્રેણી દ્વારા એકાગ્રતા²⁺ દરેક નમૂના અને બાળપોથી માટે એકાગ્રતા.

■ અયોગ્ય પ્રાઇમર ડિઝાઇન, અને લક્ષ્ય ક્રમમાં બિન-લક્ષ્ય ક્રમ સાથે સમાનતા છે. -પ્રાઇમર્સ ફરીથી ડિઝાઇન કરો.

ઘટના: પીસીઆર એમ્પ્લીફિકેશન બેન્ડ અપેક્ષિત કદ સાથે અસંગત હોય છે, મોટા અથવા નાના, અથવા કેટલીકવાર બંને ચોક્કસ એમ્પ્લીફિકેશન બેન્ડ અને બિન-વિશિષ્ટ એમ્પ્લીફિકેશન બેન્ડ થાય છે.

એ -1 પ્રાઇમર

Pri નબળી પ્રાઇમર વિશિષ્ટતા

-ફરીથી ડિઝાઇન પ્રાઇમર.

■ પ્રાઇમર એકાગ્રતા ખૂબ વધારે છે ro યોગ્ય રીતે વિકૃતિકરણ તાપમાનમાં વધારો કરો અને વિકૃતિકરણ સમયને લંબાવો.

A-2 Mg²⁺ એકાગ્રતા

Mg ધ એમજી²⁺ એકાગ્રતા ખૂબ વધારે છે - Mg2+ એકાગ્રતાને યોગ્ય રીતે ઘટાડો: Mg ને imizeપ્ટિમાઇઝ કરો²⁺ શ્રેષ્ઠ એમજી નક્કી કરવા માટે 0.5 મીમીના અંતરાલ સાથે 1 એમએમથી 3 એમએમ સુધીની પ્રતિક્રિયાઓની શ્રેણી દ્વારા એકાગ્રતા²⁺ દરેક નમૂના અને બાળપોથી માટે એકાગ્રતા.

એ -3 થર્મોસ્ટેબલ પોલિમરેઝ

En અતિશય એન્ઝાઇમ જથ્થો 0.5 0.5 યુના અંતરાલોમાં યોગ્ય રીતે એન્ઝાઇમની માત્રા ઘટાડવી.

A-4 એનિલીંગ તાપમાન

Ne એનિલીંગનું તાપમાન ઘણું ઓછું છે an યોગ્ય રીતે એનિલીંગ તાપમાનમાં વધારો કરો અથવા બે-તબક્કાની એનેલીંગ પદ્ધતિ અપનાવો

A-5 PCR ચક્ર

Many ઘણા બધા પીસીઆર ચક્ર - પીસીઆર ચક્રની સંખ્યા ઘટાડવી.

એ -1 પ્રાઇમરનબળી વિશિષ્ટતા-પ્રાઇમરને ફરીથી ડિઝાઇન કરો, તેની વિશિષ્ટતા વધારવા માટે પ્રાઇમરની સ્થિતિ અને લંબાઈ બદલો; અથવા નેસ્ટેડ પીસીઆર કરો.

A-2 ાંચો DNA

- નમૂનો શુદ્ધ નથી - નમૂનાને શુદ્ધ કરો અથવા શુદ્ધિકરણ કીટ સાથે ડીએનએ કા extractો.

A-3 Mg²⁺ એકાગ્રતા

—— એમજી²⁺ એકાગ્રતા ખૂબ વધારે છે - એમજીને યોગ્ય રીતે ઘટાડે છે²⁺ એકાગ્રતા: Mg ને પ્ટિમાઇઝ કરો²⁺ શ્રેષ્ઠ એમજી નક્કી કરવા માટે 0.5 મીમીના અંતરાલ સાથે 1 એમએમથી 3 એમએમ સુધીની પ્રતિક્રિયાઓની શ્રેણી દ્વારા એકાગ્રતા²⁺ દરેક નમૂના અને બાળપોથી માટે એકાગ્રતા.

A-4 dNTP

- dNTP ની સાંદ્રતા ખૂબ વધારે છે - dNTP ની સાંદ્રતા યોગ્ય રીતે ઘટાડવી

A-5 એનિલીંગ તાપમાન

Low ખૂબ ઓછું એન્નીલિંગ તાપમાન an યોગ્ય રીતે એનિલીંગ તાપમાનમાં વધારો

A-6 ચક્ર

- ઘણા બધા ચક્ર - સાયકલ નંબરને પ્ટિમાઇઝ કરો

પ્રથમ પગલું એ યોગ્ય પોલિમરેઝ પસંદ કરવાનું છે. નિયમિત તાક પોલિમરેઝ 3'-5 'એક્ઝોન્યુક્લીઝ પ્રવૃત્તિના અભાવને કારણે પ્રૂફરીડ કરી શકતું નથી, અને મેળ ન ખાવાથી ટુકડાઓની વિસ્તરણ કાર્યક્ષમતામાં ઘણો ઘટાડો થશે. તેથી, નિયમિત તાક પોલિમરેઝ 5 kb કરતા મોટા લક્ષ્ય ટુકડાઓને અસરકારક રીતે વિસ્તૃત કરી શકતું નથી. વિસ્તરણ કાર્યક્ષમતા સુધારવા અને લાંબા ટુકડા વિસ્તરણની જરૂરિયાતોને પહોંચી વળવા માટે ખાસ ફેરફાર અથવા અન્ય ઉચ્ચ વફાદારી પોલિમરેઝ સાથે તાક પોલિમરેઝ પસંદ કરવું જોઈએ. વધુમાં, લાંબા ટુકડાઓના એમ્પ્લીફિકેશન માટે પણ પ્રાઇમર ડિઝાઇન, ડિનેટરેશન ટાઇમ, એક્સટેન્શન ટાઇમ, બફર પીએચ, વગેરેને અનુરૂપ એડજસ્ટમેન્ટની જરૂર પડે છે. નમૂનાના નુકસાનને રોકવા માટે, ચક્ર દીઠ 94 ° C પર વિકૃતિકરણ સમય 30 સેકંડ અથવા ઓછો થવો જોઈએ, અને એમ્પ્લીફિકેશન પહેલાં તાપમાન 94 ° સે સુધી વધારવાનો સમય 1 મિનિટથી ઓછો હોવો જોઈએ. તદુપરાંત, વિસ્તરણ તાપમાનને લગભગ 68 ° C પર સેટ કરવું અને 1 kb/min ના દર અનુસાર વિસ્તરણ સમયની રચના લાંબા ટુકડાઓના અસરકારક વિસ્તરણને સુનિશ્ચિત કરી શકે છે.

ઉચ્ચ વફાદારી સાથે વિવિધ DNA પોલિમરેજનો ઉપયોગ કરીને PCR એમ્પ્લીફિકેશનનો ભૂલ દર ઘટાડી શકાય છે. અત્યાર સુધી મળેલા તમામ તાક ડીએનએ પોલિમરેજીસ પૈકી, પીએફયુ એન્ઝાઇમ સૌથી ઓછો ભૂલ દર અને સૌથી વધુ વફાદારી ધરાવે છે (જોડાયેલ કોષ્ટક જુઓ). એન્ઝાઇમ પસંદગી ઉપરાંત, સંશોધકો પ્રતિક્રિયાની સ્થિતિને optimપ્ટિમાઇઝ કરીને પીસીઆર પરિવર્તન દરને વધુ ઘટાડી શકે છે, જેમાં બફર કમ્પોઝિશન, થર્મોસ્ટેબલ પોલિમરેઝની સાંદ્રતા અને પીસીઆર ચક્ર નંબરને પ્ટિમાઇઝ કરવાનો સમાવેશ થાય છે.